شکل‌گیری و توسعه اتحادیه کشوری سوخت‌های جایگزین با چندین چالش مهم همراه بوده است:

1. چالش‌های زیرساختی و خدمات فنی و مهندسی
   یکی از بزرگ‌ترین چالش‌های اولیه برای اتحادیه کشوری سوخت‌های جایگزین**، کمبود زیرساخت‌های مناسب برای توزیع و استفاده از سوخت‌های جایگزین مانند ایستگاه‌های سوخت‌رسانی CNG یا LPG و همچنین مراکز تخصصی خدمات فنی و مهندسی خودروهای گازسوز بود. **اتحادیه کشوری سوخت‌های جایگزین نقش کلیدی در توسعه حرفه‌ای این مراکز ایفا کرد. این اتحادیه از طریق استانداردسازی فرآیندهای خدمات فنی، تربیت نیروی متخصص و فراهم کردن تجهیزات پیشرفته، به ارتقای کیفیت خدمات مراکز فنی و مهندسی کمک شایانی کرد.

   علاوه بر این، اتحادیه کشوری سوخت‌های جایگزین با ایجاد یک سیستم نظارت و بازرسی دوره‌ای بر این مراکز، اطمینان حاصل کرد که خدمات به‌طور منظم و با کیفیت بالایی ارائه می‌شوند. سیستم بازرسی دوره‌ای و ارزیابی مستمر مراکز خدمات، باعث افزایش ایمنی، کیفیت تعمیرات و افزایش رضایت مشتریان شده است. همچنین، با توجه به اهمیت آموزش، اتحادیه کشوری به‌طور مداوم به آموزش نیروی انسانی متخصص در این حوزه پرداخته و از این طریق توانسته است فضای کسب‌وکار مرتبط با خودروهای گازسوز را بهبود بخشد و بازار کار پایداری ایجاد کند.
   
   

2. چالش‌های اقتصادی
   

   نوسانات قیمت سوخت‌های فسیلی و عدم ثبات اقتصادی در کشور، از دیگر موانعی بود که بر روند توسعه سوخت‌های جایگزین تأثیر گذاشت. در بسیاری از مواقع، سیاست‌های یارانه‌ای و تغییرات در قیمت‌گذاری حامل‌های انرژی، جذابیت اقتصادی استفاده از سوخت‌های جایگزین را کاهش داد.
   
   

3. چالش‌های فرهنگی و آگاهی‌بخشی
   

   استفاده از سوخت‌های جایگزین در ابتدا با مقاومت‌هایی از سوی مصرف‌کنندگان و بازار مواجه شد. عدم آگاهی کافی نسبت به مزایای این نوع سوخت‌ها، نگرانی‌های مردم از نظر ایمنی و دسترسی به خدمات پس از فروش، باعث شد که تقاضای عمومی به کندی رشد کند.
   
   

4. چالش‌های نظارتی و قانونی
   نبود قوانین و مقررات جامع و یکپارچه‌ در اوایل فعالیت اتحادیه، موانعی بر سر راه گسترش استفاده از سوخت‌های جایگزین ایجاد کرد. تدوین استانداردهای ایمنی و فنی مناسب برای وسایل نقلیه و تجهیزات مربوط به سوخت‌های جایگزین نیاز به زمان و همکاری سازمان‌های مختلف داشت.